Según el Diagnóstico Nacional de Supervisión Penitenciaria 2021, elaborado por la Comisión Nacional de Derechos Humanos (CNDH), Querétaro continúa ubicado como 1 de los 2 estados mejor evaluados, solo por abajo de Chihuahua.

Algunas de las acciones que se destacan en el estudio son la ausencia de autogobierno, ausencia de extorsión y apropiada implementación de programas para prevenir y atender incidentes, manteniéndose como una entidad sin riñas o motines en sus centros penitenciarios.

La evaluación incluyó el Centro Penitenciario 2 Femenil de San José El Alto y por primera vez evaluaron las condiciones del Centro Penitenciario 4 de Jalpan de Serra.